延武五年(678年)正月，刘仁轨镇守洮河，每次上书向秦建文帝提出什么要求，多被李敬玄压制，因此对他怀恨。刘仁轨明知道李敬玄并无将帅的才能，为了陷害他，便上奏说：“西边的镇守任务，非李敬玄不能胜任。”李敬玄对此一再推辞。秦建文帝对他说：“刘仁轨如果需要朕，朕也亲自去，你怎么能推辞呢！”丙子（十九日）任命李敬玄接替刘仁轨为洮河道大总管兼安抚大使，并任检校鄯州都督。又命令益州大都督府长史李孝逸等发剑南、山南兵支援他。

七月，秦军张虔勖在龙支与吐蕃交战两次，都获得了胜利，斩获的吐蕃军首级极多。

九月丙寅（十二日），李敬玄率兵十八万与吐蕃将领论钦陵交 战于青海之上，打了败仗，工部尚书、右卫大将军彭城僖公刘审礼被吐蕃俘虏。当时刘审礼正率前军深入敌境，驻扎在濠所，被吐蕃攻击，李敬玄畏惧，不敢前去救援。听说刘审礼战败被俘，他又狼狈后撤，驻扎在承风岭，利用泥沟自我防卫，吐蕃屯兵高岗，居高临下向他施加压力。左领军员外将军黑齿常之，夜间率领敢死队五百人袭击吐蕃军营，吐蕃军溃散，他们的将领跋地设领兵逃走，李敬玄于是收集残余士兵返回鄯州。

秦建文帝嘉奖黑齿常之的功劳，提升他为左武卫将军，充任河源军副使。

李敬玄西征时，监察御史原武人娄师德在朝廷招募勇士时应募从军。西征失败，秦建文帝命令娄师德收集被打散的兵卒，军力又得以恢复，于是又命令他出使吐蕃。吐蕃将领论赞婆在赤岭迎接他。他向论赞婆传达秦建文帝的旨意，指明利害关系，论赞婆很高兴，为此好几年没有侵扰秦朝边境。娄师德升任殿中侍御史，充任河源军司马，兼管屯田事宜。