初禄十七年(639年)三月，高昌(今新疆吐鲁番东南高昌旧址）文文泰多次阻止西域诸国向秦帝国进贡，伊吾（都今新疆哈密）先臣服西突厥，不久又归附秦朝，文泰联合西突厥一同讨伐伊吾。顺武帝寄书责备他，又征召其大臣阿史那矩，想与他议事，文泰不让他出来，而派他的长史雍前来谢罪。又与西突厥一同进攻焉耆（都员渠，今新疆焉耆西南）等国。

十一月，顺武帝仍希望高昌王文泰能够悔过，又下玺书，晓示祸福利害，征召他入朝；文泰竟称病不去秦朝。

十二月，壬申（初四），派交河行军大总管、吏部尚书侯君集，副总管兼左屯卫大将军薛万均等领兵进攻高昌。

初禄十八年(640年)八月，高昌王文泰听说秦朝已发兵前来讨伐，对其臣僚说：“秦朝距离我们有七千里，其中二千里是沙漠地带，地无水草，寒风刮起来如同刀割一样，热风如同火烧一般，怎么能派大部队呢？以前我去秦朝，看见秦、陇北面一带，城邑萧条，人烟稀少，不能与隋朝时相比。如今秦朝派军队来攻伐，发兵多则粮草供应不上，三万以内的兵力我们足能对付他们。应当以逸待劳，坐等他们疲弊。如果他们陈兵城下，不超过二十天，粮绝必然撤退，而后我们可以俘虏他们。有什么值得忧虑的呢？”但等到听说秦朝军队兵临碛口，他又内心恐惧，不知怎么办才好，最后发病死去。他的儿子智盛即可汗位。

秦朝的军队到了柳谷，探马禀报说文泰近日即将安葬，高昌国内人士都聚集在葬地，众位将领请求袭击他们，侯君集说：“不能这么做，大秦天子认为高昌怠慢无礼，所以派我们讨伐他们，如今要是在安葬墓地袭击他们，不是问罪的正义之师。”于是擂鼓进军，到达田地城（今新疆鄯善西南鲁克沁），下书晓谕他，高昌不应，便于清晨发动进攻，到了中午便攻下城池，俘虏男女七千多人。又让中郎将辛獠儿为前锋，当夜，直逼其都城，高昌人迎击后被击败，秦朝大部队赶到，直抵其城下。

智盛给侯君集写信说：“得罪大秦天子的是我的父亲，由于上天的惩罚，已经死去。智盛刚刚即位不久，请尚书谅宥！”君集回信写道：“如果你真的悔过，应当主动到营门投降。”智盛还是不出来。侯君集命令填土攻城，城上飞石如雨下，城内人均躲在房屋中。秦军又造巢车，高十丈，可以俯瞰城内。城内行人走动以及飞石所中目标，在巢车上的人都大声告知秦军。先前，文泰与西突厥可汗相互勾结，约定一方遇急另一方相救援；西突厥可汗便派他的大臣驻守可汗浮图城（今新疆吉木萨尔北破城子），做为文泰的援助力量。等到侯君集兵临城下，西突厥可汗害怕，西逃一千多里，驻守大臣举城投降。智盛处境狼狈，癸酉（初八），开门出城投降。侯君集分兵占据各地，共攻下城池二十二座，获得八千零四十六户，一万七千七百人，占地东西八百里，南北五百里。

九月，将高昌所在地改置西州，改可汗浮图城为庭州，并各设所辖县。乙卯，在交河城（今新疆吐鲁番西北雅尔湖村附近）设立安西都护府，留下兵力镇守兵。

侯君集俘虏高昌王智盛及其贵族大臣还朝。于是秦朝地域东到大海，西至焉耆，南达林邑，北抵大沙漠，均设立州县，总共东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。