昭顺十五年(590年)十一月，尚书右仆射苏威又撰写了《五教》，令江南百姓不分男女老少都得熟读，因此士民抱怨。当时江南民间又传言隋朝将要把百姓都迁徙到关内去，于是远近惊骇。婺州人汪文崐进、越州人高智慧、苏州人沈玄都起兵造反，各自称天子，设置百官。又有乐安人蔡道人、蒋山人李、饶州人吴世华、温州人沈孝彻、泉州人王国庆、杭州人杨宝英、交州人李春等都自称大都督，起兵攻陷秦朝州县。在陈原来管辖的境内，几乎都发生了反叛，势力大的有数万人，小的有几千人，他们互相声援，抓获秦朝县令后，或者抽出他的肠子，或者割下他的肌肉作为食物，气愤地发泄道：“看你还能让我们诵读《五教》不能！”秦惠襄帝下诏任命杨素为行军总管，率军前去讨伐。

杨素将要渡过长江，先派遣始兴人麦铁杖头戴蒿草，在夜里游过长江去刺探敌情，返回后又去，被反叛的军队抓获，派遣兵士三十人看守他。麦铁杖伺机夺取了一个兵士的大刀，一鼓作气把看守他的兵士全部杀死，然后割下他们的鼻子，渡江返回，杨素非常惊奇。

杨素率领水军从杨子津进入江南，攻打叛军首领朱莫问于京口，并打败了他。随后又进军攻打晋陵叛军首领顾世兴、无锡叛军首领叶略，都被平定。叛军首领沈玄兵败逃走，被杨素率军追上抓获。叛军首领高智慧据守浙江东岸以为营垒，连绵达一百余里，战船布满江面。杨素进军攻打，部将南阳人来护儿对杨素说：“吴地人悍勇敏捷，善于使用战船作战，而且都怀着必死的决心，因此难以与他们争锋。您应该率军严阵以待，不要和他们交锋，请给我奇兵数千人，偷偷渡过浙江，袭击敌军的后方营垒，使他们退没有路，进不得战，这就是秦朝末年汉将韩信击破赵军所采取的战术。”杨素听从了他的建议。于是来护儿率领轻型战船数百艘，径直登上浙江东岸，攻破了高智慧的大本营，纵火焚烧敌军营垒，烟焰冲天。叛军回望后方营垒起火，十分恐惧，杨素乘机率军奋勇进攻，大败敌军，叛军溃败。高智慧逃入海中，杨素也率军跟踪追击直达海边。杨素召见行军总管府记室参军封德彝商议军事，封德彝失足落水，被人救起得免一死，他换过衣服后就去见杨素，没有说自己落水的事。杨素后来知道了此事，就问他为什么不说，封德彝回答说：“那是私事，所以没有告诉您。”杨素不由得叹奇。叛军首领汪文进任命蔡道人为司空，守卫乐安，杨素又率军进讨，全都被平定。

杨素派遣行军总管史万岁率领军队两千人，从婺州经小道翻岭渡海，攻下了无数叛军盘据的溪洞。前后共经过七百多次战斗，转战一千多里，一百多天毫无消息，人们都认为史万岁已全军覆没。史万岁把书信封进竹筒里，然后放在水中，被挑水的人得到，转告了杨素。

杨素又率军在温州打败了叛军首领沈孝彻，随后由陆路向天台山，直指临海县，一路上追捕漏网溃逃的叛军，前后战斗一百多次，高智慧退保闽、越地区。秦惠襄帝因为杨素长期在前线勤苦奔波，传令征召他乘坐驿站传车回朝休养。杨素认为叛军的残余还没有肃清，恐怕留下后患，又请求出征，于是又乘坐传车来到会稽。叛军首领王国庆自以为海路艰难险阻，北方人又不习惯驾船航行，于是根本不加防备。不料杨素率军突然渡海来到，王国庆惊慌失措弃城而逃。王国庆余党四散逃入海岛，有的则据守溪洞，杨素又分派部将，从水中陆上两路追捕。杨素又秘密派人劝说王国庆，让他除掉高智慧以赎罪。于是王国庆抓获高智慧送交秦军，杨素在泉州将高智慧斩首，高智慧的余党也全部投降。江南大部分被平定。