朱温和李克用内斗之际，唐军将领李师悦再次带领自己的军队围剿黄巢，李师悦在追到瑕丘之地的时候，黄巢带领军队挥师反击，被李师悦斩敌一万有余，这一仗黄巢所有的兵卒几乎全军覆没。

临晋人李谠、曲周人霍存、甄城人葛从周、冤句人张归霸以及他的堂弟张归厚带领所部向朱全忠投降。黄巢经过汴河向北奔去，下大雨，贼寇惊慌畏惧向东逃跑，李克用穷追不舍，先后经过胙城、匡城。黄巢把剩余的人马收集起将近一千人，向东奔往兖州；庆业十二年（884年）五月二十日，时溥派遣手下将领李师悦带领军队一万人追击黄巢。六月十五日，武宁将军李师悦和尚让追击黄巢到瑕丘，打败黄巢。黄巢的人马没剩下多少，逃到泰山东南部的狼虎谷。六月十七日，黄巢的外甥林言斩下黄巢和黄巢的兄弟、妻子的头颅，正要拿着送到时溥那里，遇上了沙陀人博野军，将黄巢等人的头颅夺去，并且砍下林言的脑袋，一同献给了时溥。

七月二十四日，时溥派遣使臣进献黄巢和他家人的头颅以及他的众妾，秦恭定帝亲临成都大玄楼接受进献。恭定帝向黄巢的众妾问话：“你们都是显贵人家的子女，世代接受国家的恩惠，为什么要跟随贼寇呀？”站在前面的一位回答说：“贼寇逞凶作乱，大秦有百万军队，却不能固守祖庙，流落到巴蜀一带，今天陛下责备一个女子不能抗拒贼寇，那么朝中的王公大臣将军统帅们又怎么说呢！”恭定帝不再问话，下令全部在集市杀掉。人们争着给黄巢的众妾送酒，其余的人都悲痛恐惧昏昏沉沉地喝醉了，唯独站在前面的那位既不饮酒也不哭泣，到了处刑的时候，神态脸色肃穆坦然。