早在发动陆路攻击之前，军师汪公老佛就建议方腊说：水路何必在此死攻一座小小的水寨？下游江面辽阔，这座水寨的弩弓再强，也不能完全封锁江面。倘若不能攻下，远远绕开水寨就是！于是，攻击水寨失利的方腊竹筏大军数万人，按照汪公老佛事先谋划，掉头划向下游。
朱汉旌真正的压力来了。
本来朱汉旌就没有能够指望水寨能够封锁江面。富春江过了花坪山，江面猛然增阔到四五百米宽，不要说弩弓，就是后世的轻机枪都很难封锁得了。方腊造反，裹挟上百万人。而目前方腊已经攻占清溪县、睦州等地，裹挟人口至少应该有一二十万。从他深入睦州侦察来看，这睦州城内少说也有十多万人。以朱汉旌手头近百条船，数百人的水军兵力，怎么可能拦得下顺流而下数万人到十数万人？
再说，他心里面还有一个自私的小算盘……得放着方腊去打杭州！
按照朱汉旌原本的打算，他以桐庐为前进基地，稳扎稳打，反攻收复睦州，擒住方腊，结束这场东南大乱，桐庐县、富阳县、杭州城都保住了！立此不世之功，也该封侯拜将了！现在看起来，方腊之乱未平定，两浙路官员就要卸磨杀驴，更糟糕的是没有给他一个平安下台的机会。
按理说，杭州府查找他遗失的信物，查找了那么久，想要承认他番邦王子的身份，早就承认了！特别是要夺军的时候，就应该给他一个承认。连他的王子身份都不承认，两浙路还能给他一个好结果？他朱汉旌是一个穿越客，一个骗子，身上没有任何信物可以证明他是王子！相反，这个假身份倘若不能兑现，他冒充番邦王子，最轻处罚也应该是斩首示众！
何苦来着！自己穿越过来，为了这些历史上必然要死的人去冒险卖命，去吃苦受罪，却得到一个身首异处的结果！朱汉旌再怎么爱国，此时也不会为了他们去死。再说，自己死了，两浙路百姓还更惨！只有留着自己有用之躯，才能救出更多黎明百姓！
朱汉旌的决定是沿江拦截，故意，也只能故意放开数万乱军去攻打杭州。只要他不当面硬拦，相信乱军也不会和他拼命。他带着近百条船，只要能够射杀关键的乱军将领，乱军即使攻下杭州，也是反手可灭！
大计一定，他就果断命令象山守军卡死陆路，安排水寨拦射方腊竹筏大军。自己率领水军都留在桐庐县做第二次拦截。
桐庐县县城就在富春江南岸，这里江面辽阔，最宽处有六百多米，木船远远比竹筏灵活，可以纵横江上，这里将是最好的水战地点！
在富春江东岸的桐庐县西门码头，朱汉旌把众船夫、弩弓手召集起来动员。他扯开嗓子，大声吼道：“尔等听着：本王子是番邦来归的，尚且为了父老乡亲，死战不退！尔等都是本乡本土汉子，谁要退，先站出来！可以走，去岸上做后勤。开战以后，谁要临阵脱逃，就无颜见人了！”
朱汉旌环顾众人，众人皆瞩目于他，目光坚定且热情，无一人后退！更有骁勇后生，举起手中林林种种武器，甚至船桨，高呼道：“王子不退，俺们不退！”
朱汉旌伸出双手，压了压民众呼声，坚定地扬声说道：“好！俺们都是大宋好儿郎！军中文书上前登记姓名！放心，立功有赏，受伤有救治，牺牲有抚恤！家属有照顾！临阵之时，但听号令，服指挥，勇往直前！”
文书登记姓名的同时，朱汉旌吩咐人去准备木盾。水上作战，士卒不能披甲，可弓箭互射难免伤亡，怎么办？朱汉旌提出用木盾，小鱼儿等人也是赞同，当下就去桐庐县发动留守差役、民壮做木盾。
朱汉旌又提出要有救生衣。方法是用绳子把竹筒捆成一排，贴着胸和背围捆在身上，绕一圈，落水以后可以在水面上浮着。可惜当地竹筒都很长，试制了一批，穿上以后不够灵活，也就用不上。就丢在船上当救生圈备用了。
在准备器材的同时，朱汉旌把水上作战的队列、目标对众人讲解了一番。
水上作战，弩弓优先。船队形成斜列队，可以尽量发挥弩弓威力。每两艘船一个小队，同进退，相照应。大船可以撞击木筏，小船掩护大船。敌人势大，不能硬拦。作战目标是遮护桐庐北门码头，不让敌军在此登陆，又要集中弩弓攒射敌人主要将领。方腊乱军以头巾颜色作为等级标志，等级十分明显：普通士兵头裹红布，小头目裹紫布，大头目裹青布，将官一级的裹黑布，君王一级才能裹黄布。“射青布头巾，射黑布头巾，射黄布头巾！挑官大的射！”
众人哄然大笑，回应道：“挑官大的射！”
还没有完全准备妥当，哨探的小船一路敲着锣鼓飞也似地游回来告警了：上游来敌了！
众水手、弩弓手纷纷登船，解缆，将船在北门码头附近摆出一列斜纵队。弩弓手上弦，水手摇桨摇撸，升起船帆。船队逆水行舟，缓缓而上，保持着队形。
朱汉旌在一艘大船上，居中指挥。他在船桅杆上还升起了自己“朱”字认旗，船帆上也用白灰涂抹上大大的“朱”字。他朱汉旌必须显示自己的存在，否则草草组建的新军军心就会散。看到他座船升起认旗，张满“朱”字大帆，百条大小兵船上上千人都发出由衷的欢呼。在主将座船的指挥下，这百来条兵船排出一列斜纵队，占据了三分之一江面。陆战讲究围三厥一，水战也不能全堵塞去路，留着向下游的三分之二江面，引导乱军向下游逃走。
富春江南岸，桐庐县码头上，班头游彪、莫行带领着衙役、民壮们持刀持枪，以草草树立的木桩寨墙为依托，防备方腊乱军抢占码头，攻打桐庐县城。
寒风猎猎，朱汉旌还非常卖力地爬高到座船的桅杆顶上，眺望军情。他身上猩红披风迎风招展，他就要让手下士卒看到他在军中，就在这队列之中！我，大燕国王子，不退！
太阳已经偏西，这竹筏一只又一只，绵延不绝。方腊乱军实在是组织溃散，开头的几只竹筏也没有编列队形，就顺水而下，竹筏上弩手水手都少，似乎是被水寨射杀过一轮。朱汉旌远远看见，吩咐小鱼儿：“小鱼儿！上两艘快船，先撞散几只竹筏，鼓舞士气！”
小鱼儿答应一声，亲自带着两艘小船，向前猛冲，一路上弩箭齐射了四轮，就把对方几只竹筏上的人几乎都射到水里去了。小鱼儿不依不饶，指挥快船猛撞上去！竹筏都是仓促捆绑而成，水上漂浮尚且担忧散架，哪堪一撞？很快，小鱼儿这两艘船撞散了五只竹筏，示威似的在水面上划了一个弧，返航归队，船队上的弩手水手都是大声喝彩，众人士气高涨。
上游又飘下来更多的竹筏，竹筏上的乱军都吓得站也不敢战，趴在又冷又湿的竹筏上。
朱汉旌看这些竹筏上的人都稀稀拉拉，大声道：“往下传：斩蛇斩首，杀大官，放过小卒子！往下传话！”
连续有半个时辰，飘下来的都是一些被射杀了头目、弩手的竹筏。这些竹筏都是顺水飘，也不敢靠近。朱汉军的水军弓弩数量有限，只起哄，笑骂，并不浪费弓矢。
上游飘下来的竹筏越来越多，很快竹筏就能集结起来，几十只竹筏成一批，向船队冲过来。朱汉旌在桅杆上看到竹筏上有认旗，有青布、黑布头巾的头目，他大声下令：“往下传：攒射青布头巾、黑布头巾！往下传话！”喊了话，朱汉旌手脚并用爬下桅杆……大战在即，流矢不长眼，朱汉旌终究是怕了：我一个文科生，可不想在桅杆顶上被射成刺猬！贼老天，你倒是穿越一个体育特长生过来啊！我一个文科生是来大宋泡妞喝酒的，不是来当猴子爬桅杆的！
上游漂下竹筏越来越近。竹筏上方腊乱军也备了铜锣与大鼓。此时铜锣敲响，大鼓擂响，金鼓齐鸣，好不热闹。在这喧天锣鼓声中，乱军人人嘶吼，杂乱地喊着诸如“抢钱抢粮抢娘们”之类的荤话，人人血气上涌，只觉得眼前这江面开阔，官军兵船又不多，大可一冲而过！
朱汉旌就在这兵船队列中，只是下令：靠近了才射！
命令一船一船吆喝传开。
水手们举起木盾，弩弓手从木盾间隙中举起弩弓，默不作声地瞄准……就在乱军的锣鼓与官军沉默中，双方快速逼近。两军士兵目光在空中对撞，似乎撞出了迸裂的火花。大冷天里，官军中的弩弓手的手心都攥出汗了，他们不断回望朱汉旌座船，心中不断问：将主，怎生得还不下令放箭？终于，方腊乱军木筏上的弓手先忍不住放箭，稀稀拉拉的弩箭隔着老远，错失准头，偶尔几支钉上船，也显得有气无力。
水军的弩弓手就在沉默中等命令，手中的弩弓紧紧对准目标，一直等到朱汉旌座船上令旗左右摇动，伴随“呜……！”一声长长的天鹅号响起，弩手们才重重扣下扳机。第一批几百支弩箭呼啸而出，嗖嗖地越过江面，流星一般撞向上游的竹筏。对面的青布小头目、黑布头巾大头目都是身中数支弩箭，惨叫着栽入江中，连挣扎都没有挣扎，咕噜噜两串水泡，就不见了。竹筏上的乱军全都慌了手脚，有人跳了水，有人撑着竹篙，用力把竹筏往江北撑过去——这官军水军太强，离远一点好！
有人要逃，有人还不知道逃，当下两支竹筏就撞在一起。竹筏都是仓促制成，捆绑不牢，钉得不紧，这一撞立刻就散了架，变回一根一根的光溜溜的竹竿！竹筏上的乱军全都落水，在水中挣扎扑腾，起初还能露头呼救，后面的竹筏也不来救，只顾自己逃命，无情地压过去，很快落水的乱军就沉入水中不见了。
朱汉旌站在指挥船船头，看得心头一痛：这是什么世道！人逢乱世，猪狗不如！