西北军开始忙着整编了，日军和C.C.方面也没有闲着。
1939年11月4日，为了加强对侵华日军在政略、战略上的统辖，适应即将建立汪精卫傀儡政权的形势，加紧对C.C.中央政府实施政治诱降的工作，东京日军大本营决定即日起在南京成立中国派遣军总司令部。
中国派遣军总司令部既然成立了，大本营统帅部随后便任命西尾寿造大将出任第一任总司令官、板垣征四郎中将出任第一任总参谋长，两人及中国派遣军司令部于当年12月1日起正式行使统率侵华日军之职权。
根据东京方面的规划，总司令部设在南京的中国派遣军将直辖华北方面军、华中第十一军、华东第十三军、华南第廿一军及陆军航空兵第三飞行集团等部。此外，中国派遣军还将直辖第7通信队、华中气象部、第4铁道部队等若干配属部队。
中国派遣军总司令部成立之后，设在北平的华北方面军的总司令人选也随之而改变，原司令官杉山元大将去职，由多田骏中将接任，参谋长也换成了笠原幸雄少将。除了主官人选变动以外，华北方面军麾下的作战序列也发生了一些变动。
其中司令部设在太原的第一军司令官继续由筱冢义男中将担任，但参谋长换成了诘渊宣一少将。第一军原辖部队中第十四师团被调往中国东北、第廿师团被调往朝鲜、第一零八师团调回国复员、独立混成第一旅团调往河北邯郸。作为调出3个师团又1个旅团的补偿，原华北方面军直属的第卅六师团以及新近在日本编成的第卅七师团和第四十一师团以及独立混成第十六旅团等部随后编入第一军。这样一来，第一军麾下便只剩下了第卅六、第卅七、第四十一这3个师团以及独立混成第三、第四、第九、第十六等4个旅团。
不过，第一军还依旧辖有直属独立机关枪第4、5大队、战车第2大队、独立轻装甲车第1中队、独立山炮兵第一联队、独立山炮兵第三联队、野战重炮兵第二旅团（缺野战重炮兵第六联队）和独立追击炮第3大队等部，战斗力并未虚弱多少。
司令部设在济南的第十二军司令官则是这次的大输家，不但尾高龟藏中将去职，换成了饭田贞固中将，该军主力第五师团也随后被调往海南编入第廿一军序列。实力大损的第十二军因此只辖有第廿一师团和第卅二师团以及独立混成第五、六、十等3个旅团，其任务也缩减为只承担山东全境及徐蚌之间陇海、津浦两路防务和治安。
驻蒙军的司令官和参谋长人选则保持不变，继续由冈部直三郎中将和田中新一少将担任，司令部设在张家口。所部下辖驻扎在大同周围的第廿六师团、驻扎在平西、察南的独立混成第二旅团以及在丰镇及察北的骑兵集团。
司令部在归德的第十五军是这一次新设立的，设立该军的目的自然是为了更好的应对河南方面的战事。因此该军的司令官由老资格的原第三师团师团长藤田进中将出任、参谋长由原第十一军参谋长吉本贞一少将担纲。
鉴于该军的重要任务，因此下辖第卅五师团和第一一零师团。原在开封、许昌一线休整的第五师团则被新近编成的第卅八师团所取代。除此之外，第十五军还下辖野战重炮兵第六联队、独立轻装甲车第5中队、独立机关枪第9大队、独立野战重炮兵第八联队、独立追击炮第5大队、战车第八联队、野战高射炮队、野战防空队等部。不过第十五军的配属特种兵部队虽多，但一线作战兵力却较第四次豫东会战时为少，河南日军也因此暂时失去了主动进攻的能力，被迫转入防守状态。
除了上述部队以外，日军华北方面军还另辖在司令部在新乡的第廿七师团以及承担河北占领区治安任务的独立混成第一、七、八、十五等4个旅团。此外还直属中国驻屯战车队、独立轻装甲车第10、12中队、高射炮第十五联队、独立工兵第1中队、第4、5、11通信队、华北气象部、架桥材料中队、第2野战铁道部对、第11装甲列车队等部。
随着中国派遣军总司令部的成立，原华中派遣军的番号就此取消，原华中派遣军下属第十一军便归由中国派遣军直属。由于第一零一师团和第一零六师团奉命回国复员，因此加上加上调来替换的第卅九、第四十师团，第十一军共辖第三、四、六、十三、卅三、卅四、卅九、四十等8个师团和独立混成第十四、十八、廿等3个旅团。
此外第十一军还辖有独立机关枪第1、2、7、8大队，战车第七联队，独立轻装甲车第6、7、8、9中队，独立山炮兵第二联队，野战重炮兵第六旅团（辖野战重炮兵第十三联队、野战重炮兵第十四联队），独立野战重炮兵第十五联队，独立迫击炮第1大队，独立气球第3中队，野战高射炮队（甲）（乙），野战照空队，独立工兵第一、二、三、八联队，第3通信队，第2野战瓦斯队，架桥材料中队，第3铁道队（铁道第一联队）等部。全军的兵力超过30万，依旧是侵华日军中最大的战役机动力量。
第十一军的地位不便，但原华中派遣军的其他部队则归入新设立的第十三军中。该军司令官为泽田茂中将、参谋长为樱井省三少将，司令部设上海。下辖第十五、十七、廿二、一一六等4个师团及独立混成第十一、十二、十三、十七等4个旅团并独立迫击炮第4大队、高射炮第十六联队、独立工兵第2中队等部。该军主要承担维护京沪杭及皖南、浙北、苏北等占领区的治安并确保在华中作战的第十一军的漫长补给线。
广州方面的第廿一军则继续由安藤利吉中将出任司令官，土桥勇逸少将担任参谋长。该军下辖第十八师团、第一零四师团以及从华北调来的第五师团，另外还辖有台湾混成旅团、第1独立步兵队（海南岛部队）、第21独立飞行队以及独立机关枪第3大队、独立轻装甲车第11、51、52中队、独立山炮兵第十联队、独立山炮兵第20、21大队、野战重炮兵第二联队、独立迫击炮第20、21大队、第3野战高射炮队、独立工兵第十五联队、独立工兵第廿联队、第8通信队、华南气象部，架桥材料中队，铁道第二联队第3大队等部。
由某个军直辖陆军航空兵一部在日军中是个特例，而这个特别的第21独立飞行队事实上拥有的战力极其有限，仅下辖独立飞行第82（侦察机）中队和独立飞行第84（驱逐机）中队以及第3、85、88机场勤务中队等少数战勤部队，驱逐机和充当轻轰的两用司侦不过20~30架。但就是这么一支小小的空中力量依然力压已经虚弱到极点的中央空军，为所欲为的南中国的天空中肆孽。
除了第廿一军直属的陆军航空兵以外，在华的日军陆军航空兵则统编为第三飞行集团。鉴于目前唯有西北方面的空中力量可以跟日军一拼，因此第五飞行集团的司令部设在北平，木下敏陆军中将出任飞行集团司令官。
第三飞行集团下辖下辖第1、3飞行团以及独立飞行第16中队和飞行第60战队。其中第一飞行团进驻汉口，团长中菌盛孝少将，下辖独立飞行第83（侦察机）中队、独立飞行第10（驱逐机）中队、飞行第九十（轻型接炸机）战队等部负责支援华中日军作战；第三飞行团进驻济南，团长管原道大少将，下辖独立飞行第17（侦察机）中队、独立飞行第四十四（侦察机）战队、飞行第五十九（驱逐机）战队队长、飞行第七十五（轻型轰炸机）战队等部，负责华北空中作战。另外独立飞行第16（侦察机）中队进驻安庆负责皖西、鄂东北空域；飞行第六十战队（重型轰炸机）进驻太原，准备对西北内地实施打击······
C.C.方面也出现了一系列新的变化，这种变化是从李宗仁率领第五战区部队南返开始。
由于李宗仁所部局促在大别山东麓，陷于日军和西北国防军的包夹之中很难伸展，再加上大别山地区疾苦，军费弹药都无从筹措，因此在经过西北方面的努力之后，李宗仁便毅然决然的率领第十一集团军李品仙部和第廿一集团军廖磊部以及第卅一军韦云淞部南下，趁着皖中日军兵力为杨虎城部的行动吸引、江西日军为南昌外围中国军队牵制的机会，在彭泽以东、安庆西南间渡过长江。然后快速进军皖南山区，在不可能的情况下突破日军扬子江舰队封锁并顶着日军轰炸成功与第三战区所部实现会师。
李宗仁从大别山金蝉脱壳了，但蒋中正却因此甩碎了杯子。不过蒋系现在处境困难只能在联合桂系的情况下顶住西北的压力，因此蒋中正并不能因此以弃土的名义责罚李宗仁。不但不能责罚，而且还得给对方相当的地盘。在这种情况下，贵阳只好在自己身上剜肉。
1939年11月12日，贵阳宣布重组战区，以苏北、皖南、苏南、浙北、浙东为第一战区，顾祝同为战区长官；以浙西、浙南、赣北、闽北为第二战区，李宗仁为战区长官；以闽西、闽西南、粤北、粤东北为第三战区，朱绍良为战区长官；以赣西、赣南、湘南、湘西为第四战区，陈诚为战区长官，薛岳为代长官；以粤西、粤西北、广西为第五战区，张发奎为战区长官；云贵为第六战区，蒋中正兼任战区长官······