华中日军之所以在解救完佐枝、水口支队退回安陆、孝昌、孝感一线是因为从4月17日起华中日军已经对南昌展开了进攻。其实，早在武汉失守后，贵阳方面就判断日军的下一目标将会是南昌和长沙。然而，由于蒋军嫡系纷纷调入云南整修，第九战区的兵力骤然减弱，该战区无力执行贵阳军委会关于向日军控制的南浔方向发动进攻以转移敌人的进攻方向，破坏日军的进攻部署，这样一来就把先手交给了冈村宁次。

1939年2月11日，日本第十一军发出“仁号作战”的会战指导策略，预定于4月中旬开始行动，一举攻占南昌，割断和粉碎浙赣沿线的中国军队。为此冈村宁次调动了第六、第卅三、第一零六等三个师团。

2月16日，日军华中派遣军根据冈村宁次上报的“仁号作战”的会战指导策略向第十一军下达《对南昌作战要领》：“攻占南昌的目的，在于割断浙赣铁路、切断江南的安徽省及浙江省方面敌之主要联络线······第十一军应从现在的对峙状态下，以急袭突破敌阵地，一举沿南浔一线地区攻占南昌，分割和粉碎浙赣线沿线之敌。同时要以一部从鄱阳湖方面前进，使之有利于主力作战······攻占南昌附近后，应即确保该地以南要线······”

为了干扰中方的判断，日本华中派遣军还和日本中国方面舰队商定了协同作战计划，并命令在湖北的第十六师团和在杭州的第廿二师团在南昌作战开始前，先在汉水方面和钱塘江方面采取若干行动，以牵制和迷惑中国军队。

2月19日，第十一军又与华中派遣军直属的第三飞行团及海军第二联合航空队商定了协同作战计划。冈村宁次为了保证进攻成功，在准备期间数次派作战主任参谋乘飞机侦察地形、守军的防御体系、工事状况及兵力配置、重武器的位置等，据此选定渡河（修水）点和进军路线、主要突击方向。为提高进攻的力度和速度，冈村宁次改变了以往将野战重炮兵和战车配属各师团分割使用的方法，在强渡修水时改由军集中使用、统一指挥；同时改变了将战车分布在步兵战斗队形直前、掩护和引导步兵攻击的传统战术，将战车编为战车集团，在第一线部队前方2天行程的距离上，在航空兵支援下，进行远程迂回，突破守军防线，为部队开路。炮兵由野战重炮兵第六旅团长澄田崃四郎指挥，共有各种火炮300余门。战车由战车第五大队大队长石井广吉指挥，坦克及装甲车共有135辆。

3月中旬，日军第卅三师团、第一零六师团和配属炮兵开始向德安以南地区集结，战车队在德安以北集结。下旬，第六师团开始向箬溪、武宁方面行动，茶村（秀男）支队开始打通鄱阳湖水路，同时第九师团也在粤汉路北段开始佯动。

此时贵阳方面以罗卓英第十九集团军在南昌北正面进行防御；以第七十军、第四十九军、第七十九军、第三十二军及预备第九师等部在箬溪以东、修水南岸至鄱阳湖西岸并列展开；以王陵基第三十集团军所部第七十二军在武宁地区担任防御；以樊崧甫所部（湘鄂赣边区挺进军）第八、第七十三军在武宁以北横路附近担任防御；以汤恩伯第卅一集团军第十三军、第十八军、第九十二军、第卅七军、第五十二军等部担任鄂南、湘北守备；卢汉第一集团军所部第五十八军、第六十军、新编第三军及战区直辖的俞济时第七十四军，则受命控制长沙、浏阳、醴陵诸地区，为预备队。

这些部队看起来番号甚大，但师不过三千，军也只有万人，枪械弹药也在连绵的战斗中损失极大，炮兵甚为不足，更不要有战车相助，只有极偶尔的情况下会得到好不容易保存下来的中苏飞行队的战机的支援，因此很难跟相对实力雄厚的日军抗衡。

4月13日，由华中派遣军直属的第一一六师团率先派出石原少将和村井大佐率领的两个支队在海军支援下，由湖北乘船出发，对鄱阳湖东岸进行搜索，保障水陆交通和主力部队左侧安全，至15日，未遇到中国军队的抵抗，遂结束搜索行动，在各要点配备了必要兵力。18日，村井支队乘军舰从星子出发，在永修东北约30公里的吴城附近登陆，向中国守军进攻，遭到中国第卅二军等部的顽强抗击。苦战4天，仍未能突破守军阵地。23日晨，日军在飞机和炮火掩护下，继续发动猛攻，并不断投射燃烧弹、化学弹。守军蒙受重大损失，于24日撤出吴城镇，向后转移。村井支队占领吴城后，继续实施打通赣江及修水的作战，排除中国方面敷设的水雷。

4月15日，日军第卅三、第一零六师团主力及其炮兵、战车队等依次向修水北岸推进，分别占领进攻出发地域。此后，炮兵即开始进行试射和火力侦察。4月17日16时30分，冈村宁次命令澄田崃四郎少将指挥所有炮兵向修水南岸守军第四十九军、第七十九军阵地猛烈射击，进行总攻开始前的炮火急袭，长达3个多小时，其中杂有大量毒剂弹。守军阵地多处被毁，第七十六师师长王凌云以下官兵多人中毒。19时30分，第一零六师团由虬津开始强渡修水；20日晚，第卅三师团也由涂家埠以北开始渡河。

修水宽约30米，因连日阴雨，河水上涨约3米，虽给日军渡河增加困难，但守军阵地多处被淹，水上障碍物大部分被冲走。日军2个师团分别突破守军前沿，乘夜连续突击，到18日拂晓占领纵深2公里的滩头阵地，掩护其工兵架设浮桥。8时许，日战车集团通过浮桥，从第一零六师团正面向东山守军进攻，尔后沿南浔路西侧向南昌迂回。20日21时30分，日先头战车群前出至奉新，占领南门外潦河大桥。战车集团的突然进攻，使守城部队未能撤收配置在城郊的38门火炮即匆匆退走，日军遂于21日占领奉新。

日军战车集团占领奉新后，由于燃料将尽，在飞机空投燃料后方转向东进，继续向南昌西南迂回，于23日到达南昌城西赣江大桥。第十一军将预备队第一四七联队归还第一零六师团建制，以增强该师团的突击力量。得到增援的第一零六师团便于24日占领了安义，其第所部第一一一旅团进击高安，阻击中国第九战区向南昌增援，主力经奉新转向东进，25日在南昌以西击破由第三战区增援的第一零二师，于26日进至赣江左岸生米街附近，当日渡过赣江，从南面迂回南昌，并切断了浙赣铁路。第卅三师团主力也经万埠、璜溪，于26日进至生米街，当晚渡过赣江，向南昌突击。其主力第卅三步兵团沿南浔铁路经乐化、蛟桥，于26日到达南昌西北赣江北岸。

第十九集团军发现日军迂回南昌后，急令第卅二军从南浔路上的涂家埠撤回南昌，会同第一零二师固守南昌。但第卅二军尚未全部撤回而日军战车集团及第一零一旅团已分别突进至南昌西面及北面的赣江桥。守军虽炸毁桥梁将其阻止于赣江以西、以北，但日军第卅三师团已从南面突进南昌。守军兵力单薄，火力又弱，经激烈巷战，伤亡甚众，不得不被迫向进贤撤退。27日，日军第卅三师团占领南昌。28日，为了扩大战果，并确保给予南昌外围有足够的缓冲区间，日军第十一军奉命令以第卅三师团确保南昌、以第一零六师团主力回占奉新，并准备向高安或奉新以西作战，就这样，到了5月2日，日军占领了高安城。

日军开始总攻后，贵阳政府军事委员会桂林行营主任白崇禧曾第一时间急令第九战区各部队固守阵地。19日，白崇禧又电令第三战区司令长官顾祝同速调第一零二师至南昌，加强南昌守备兵力，归第十九集团军总司令罗卓英指挥；另调第十六师、第七十九师至南昌东南之东乡、进贤，警戒鄱阳湖南岸，并策应南昌方面的作战，同时电令第十九集团军以有力部队约2个师的兵力分路向敌后方的马回岭、瑞昌、九江、德安等要点袭击，破坏铁路、公路，断敌后方交通，阻止敌后续部队增援。

白崇禧隔着千里之外利用地图指挥当然是纸上谈兵，由于通信联络不畅及部队行动迟缓、协同不好等原因，他的计划根本未能实施，此时战场情况已发生变化。

这个时候，蒋中正已经觉察出日军对南昌的势在必得，由于担心兵力损失过多不利于日后坚持抵抗，他便于22日晚致电第九战区司令长官薛岳、第十九集团军总司令罗卓英和江西省主席熊式辉：“此次战事不在南昌之得失，而在予敌以最大之打击。即使南昌失守，我各军亦应不顾一切，皆照指定目标进击，并照此方针，决定以后作战方案。”

4月24日，蒋介石再次致电白崇禧、薛岳、罗卓英、顾祝同，指示：“甲、罗集团主力应保持重点于湘赣公路方面，攻击敌右侧，向赣江方面压迫之，切戒以主力背赣江作战。乙、南昌正面以必要一部固守之，必要时可在抚、赣两江间逐次抵抗，掩护赣南······”