南昌的易手使得三战区战区与大后方的联络陷于困境，军事补结只能依赖浙赣两省的公路线了，使东南各省未沦陷地区的处境更加困难，因此在南昌失守之后，贵阳方面就积极筹划反攻，这是冈村宁次所没有想到。

5月2日，南昌失守当天，贵阳军事委员会判断日军虽占领南昌，但消耗较大，尚未整补，守备兵力不足，决定乘日军立足未稳时举行反攻，同时令各战区发动“五月攻势”（亦称“晚春攻势”），袭扰、牵制日军，防止其继续向西进犯长沙。军事委员会令第九战区和第三战区策划反攻南昌。使用兵力，预定为第九战区的第一、第十九、第卅集团军及第三战区的第卅二集团军，共约10个师，由第十九集团军总司令罗卓英统一指挥。

5月9日，蒋中正将自己拟定的《攻略南昌计划》电告桂林行营主任白崇禧，并征求意见。该作战方针是：“先以主力进攻南浔沿线之敌，确实断敌联络，再以一部直取南昌。攻击开始之时机，预定5月17日。”

其兵力部署的主要内容是：“令第一集团军、第十九集团军及第七十四军分别经奉新、大城地区向修水至南昌间南浔铁路挺进，彻底破坏交通，断敌增援，并协力攻略南昌；令第十九集团军第七十军逐次推进至高安，为总预备队；令第卅二集团军以3个师的兵力由赣江以东进攻南昌，并组织1个团的部队，以奇袭手段袭取南昌；令第卅集团军进攻武宁。”

5月11日，白崇禧复电蒋介石，对兵力部署提出自己的建议，稍有变动，强调进行奇袭及“破坏、扰乱敌之交通及后方”，“切断敌之联络线”，并认为“攻击时间应提前，从速实施，至迟须在15日左右”。

5月14日，第九战区的部队首先开始行动。第一集团军以第六十军第一八四师和第五十八军新十师进攻奉新，以第五十八军新十一师监视靖安日军；以第七十四军主力进攻高安，以第七十四军及第七十军各一部北渡锦江，进攻大城、生米街。激战至17日，日军退守奉新、虬岭、万寿宫一带。第十九集团军攻克大城、高安、生米街等据点。但由于兵力损失过大等原因尔后进展困难，攻击受阻，两个集团军的部队均未能按照计划挺进至南浔铁路。

第三战区的第卅二集团军则以第廿九军第十六师、第七十九师、预备第五师及预备第十师之一部于5月15日渡过抚河，向南昌发起反攻，中日双方殊死搏斗，激战至18日，第廿九军攻克市汊街后，开始向南昌城区逼近。

5月19日，日军集中第卅三师团主力实施反击，在猛烈炮火及航空兵火力支援下，与中国军队在南昌东南、正南郊区展开激战，反复争夺该地区内的各村庄据点。第七十九师师长段朗如因部队伤亡过大，于当日夜改变进攻部署，并发电报向军及集团军作了报告。第卅二集团军总司令上官云相以擅自更动计划为由，报第三战区批准，将其撤职查办。蒋介石急于攻下南昌，听到报告后，于21日下令，以贻误军机罪将段朗如“军前正法”，令第十六师师长何平“戴罪图功”，令上官云相到前方督战，限于5月25日以前攻下南昌。

5月22日，第廿九军所属第一零二师柏辉章部收复向塘，再度攻克市汊街。第十六师一度攻占沙潭埠，但在日军援军反击下，又被夺去。督战的上官云相遂将第廿九军所属第廿六师刘雨卿部投入战斗。

5月23日，中国军队再度发起进攻，战至当日黄昏，预备第五师曾戛初部攻至南昌城外围阵地，并破坏了铁丝网，但日军火力密集，该师伤亡很重，无力继续攻击。生力军第廿六师参战后一度攻势如潮，其所属第152团于23日拂晓突入新龙机场，击毁日飞机3架；第155团于当日9时突进至火车站；但两团此后均遭日军猛烈的火力袭击及反击而前进不得。

5月24日，日军第一零六师团主力在飞机、坦克支援下，从南昌及莲塘夹击城郊的第廿九军。激战至17时，第廿九军被包围，第廿六师师长刘雨卿负伤，军长陈安宝及第156团团长谢北亭先后牺牲，陈安宝的头更是被残暴的日军割下拿回南昌城内炫耀。

该军参谋长徐志勋及刘雨卿根据战场实际情况，见已不可能完成攻占南昌的任务，为避免部队被歼，冒被蒋介石杀头的危险，决定向中洲尾、市汊街突围。这样预备第五师化装便衣潜入城中的1个团也因无后续部队接应，被迫撤出。

蒋中正限期于5月25日攻下南昌的命令下达后，第九战区代司令长官薛岳便认为：以南昌防御战后尚未得到补充而武器装备又远逊于敌人的部队，对武器装备占绝对优势而又依托防御工事的敌人进行攻坚作战，不可能按主观决定的时间攻下南昌。

但薛岳不敢直接向蒋介石提出不同意见，于5月23日致电陈诚陈述自己的看法。

薛岳在电文中说道：“查南昌、奉新方面之攻击，自5月寒日（14日）开始，已10天。因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战。因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。现迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。故此次南昌之攻击，即在消耗敌人、避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月25日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。除严令各部排除万难、不顾一切继续猛攻外，拟恳与委座通电话时，将上述情形婉为陈明······”

陈诚因前线战事正趋向中方不利的方向发展，便于25日将薛岳的电报全文转报蒋中正。

当时桂林行营主任白崇禧也认为限时攻克南昌的命令不符前线实际情况，于是在5月25日也致电蒋中正及何应钦，婉转地提出不同的建议：“我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效。今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力。为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理。在外则仍宣传积极攻略······”

两封电报的用意，都是“以子之矛，攻子之盾”，以作战指导不符战略方针为理由，希望蒋介石改变限期攻克南昌的命令。蒋中正接到电报，又得到陈安宝军长牺牲及进攻部队伤亡惨重的报告，不得不于5月29日下达停止进攻南昌的命令。

5月30 日，得到撤退命令的贵阳国民政府军队撤至赣江以东及抚河两岸地区与日军对峙，日军此时亦因损失严重，无力反击，双方就此罢手，南昌会战至此宣告结束。此役日军伤亡13000余人中国军队伤亡10万余人

“据我方在九战区的观察员的报告，日军在此战中大量使用毒气，其中在修水一线发射毒气弹3000余发，释放毒气桶15000余个，当时修水河阵地的2公里纵深内完全为毒气所笼罩。”林子瑜已经做了两年多的军情局局长了，根据惯例他将转任新职，这也是他最后一次以这个身份站在讲台上为西北军委会做报告了。“日军第六师团第十一旅团在进攻武宁、高安及强渡锦江时也大量使用毒气。”

“毒气的问题要注重起来。”军委会委员、军务局局长韩光琦中将是杨虎城的人，他自然担心像杨部这样的杂牌部队的防护问题，但他只是一个空壳的军务局长，所以也只能在军委会会议上借势发言。“目前前线各部中除了原西北系统的各师拥有足够的防护设备以外，其余各集团军、军团、师拥有的橡皮防毒面具几乎为零，就是有一些简易的防毒面具，其数量也根本不能满足战事的需要。”

“对此，军务局有什么解决办法。”戴季良却一脚把皮球踢回了韩光琦的脚下，对此韩光琦根本无以作答。“军务局不能总是口口声声说这个不足，那个不够，还应该做好跟联勤司令部已经生产厂家之间的沟通。”但戴季良却不放过他，继续敲打着。“若是橡皮数量紧张，那多督促生产简易的也好，前线需要才是你们最大的压力。”

“是！”肚子里腹诽不已的韩威西只好站起来表态着。“军务局一定遵照钧座的指示，督办好防毒面具的订购工作，并协助联勤司令部向前线提供足够数量的简易防毒面具。”

“不仅仅防毒面具。”戴季良继续敲打着。“孙、商两位总司令以及杨、冷、庞、潘四位军团长都跟总部反应雨具、饭盒、军鞋的数量不足，军务局不要下面催了再想办法，要提前重视起来。”韩光琦站在那里真是恨不得一头钻到地里去才好躲过这样的羞辱，但他却是以小人之心度君子之腹了，因为接下来戴季良对联勤司令部参谋长司马也是如此命令着。“两个单位一定要做好衔接。”

“是！”作为戴季良的头等心腹的司马郎声应道“请钧座放心，联勤这边已经想办法解决前线供给不足的问题了。”

“能切实解决就好，别都杵着了，坐下。”戴季良挥挥手，等两人落座之后，戴季良冲着国防学院新设的战略和战术分析室的代表、同样是出自西北军留德生的厉寒少将示意道。“接下来，你为军委会做相关分析。”

“是！”带着少将金星的厉寒拿站到了地图面前。“我们认为，南昌会战之所以失败，是因为以下几个原因。第一，作战指导与战略方针相抵触引起前线指挥官对战役意图的理解及执行错误······”