外界
“我正在驾驶这样的东西吗？”刘胜男不知所措。
“这是什么？我们到底复制了什么东西啊？”英子内心惶恐。
“我就知道EVA不单单是亚当的复制品。不过，在打倒所有使徒之后，皇室打算怎么处理EVA呢？”作战部长杨华观察英子若有所思。
中国，应天府，皇宫
“陛下，锦衣卫密报。”
“打开。”
墙上的屏幕开始播放初号机击破夜天使的场景，皇帝看完久久不语。
“EVA实属不详。传令科书院，加紧研制量产机，重点加强安全措施。”
主人格核心
“先看看‘碇唯’的记忆吧，了解了解这个世界。”
“原来‘碇唯’叫苏瑞。应天府学，应天？南京？明朝？”
“崇祯中兴？新军新政？皇商？第一次工业革命？看来这位崇祯帝也是个穿越者，还是个工科生。”
“用火枪打跑女真，用大炮打服东瀛，用战舰征服欧洲，这么给力？怪不得能续到现在。”
“亚当的基因模型？！残缺的，全的我也看不懂。莉莉斯的基因模型？一样残缺，一样不懂。基因与AT立场的辨证关系？这个还能理解一点。人形骨架的人工介入设计？这是设计控制栓插入位置的。遮断和强化电信号的神经结构？神经连接的技术控制？双向同步的理论论证？刚性约束的仿生设计？储备能源的加装方案？巨型胚胎的培养要求？好像都是制造EVA的知识，不管残不残缺的全部留下，先同化融进来，其他的算了，不愧是能造出EVA的生物工程学大神。”
“啊，‘碇唯’的记忆处理完了。幽影的记忆还有好多，夜天使后面是霞天使，再后面就是可伶的力天使了吧。看来时间不够啊，只能把信息云先聚拢成记忆岛了。”子龙又分化出十九条触须，除了一条最粗的触须连接着初号机，剩下的二十四条触须分成十二组，赤道六组，两端各三组进行信息云的聚拢工作。
外界
某日，四号机的S^2机关搭载实验在北美实验室进行，结果连同试验基地一起消失。剩下的三号机启动实验转至扶桑省的松代市进行，适格者是“碇真嗣”的同学。
在三号机的启动实验中，三号机没能脱离既定的事件，还是被霞天使感染后失控。
在子龙的注视下，零号机、初号机、二号机出动拦截，零号机与二号机一如既定的被三号机击败，这让子龙越发感慨命运的强大，但他还是决定在力天使之后对命运进行一次试探，S^2机关怂子龙胆。
“碇真嗣”得知三号机内有驾驶员后，拒绝执行任务。于是“碇司令”命令打开初号机的傀儡系统，初号机也一如既定地手撕三号机。
主人格核心
“信息云聚拢的差不多了，是时候脱离主人格核心了。”子龙看着被聚拢成一个记忆岛的信息云，蹒跚满志地开始脱离主人格核心。他先将记忆岛向低维一面的反向尽力抛出，意识体在获得反作用力后，控制连接初号机的触须全力向低维一面反向牵引。经过少量的记忆碎屑碰撞后，子龙终于脱出了主人格核心，进入了初号机的核心。
“果然，相比在主人格核心里，意识直接接触初号机的感觉更加真实。核心在以后会成为网络中枢，我应该入主大脑才能有效的构建网络、设计中枢。”虽然核心比大脑更安全，意识一旦入主也难以更改，但子龙还是选择了入主大脑。
子龙的意识体沿着初号机的脊椎一路来到大脑处，他感知了下初号机的大脑，里面空旷的没有多少信息，随即将自己的意识缓缓沉入。初号机的大脑接收了子龙的意识后，陡然开始高速运转，无数神经突触开始发育、交织，犹如计算机的内存转硬盘一样，将意识里的信息拓印到大脑的神经突触上，这个过程对于子龙来讲就像做了一场梦。
梦中，子龙又回到了童年，在学习中长大。子龙觉得自己学的东西很怪，像什么能量网络的建立与完善啊，网络中枢的设计与测试啊，高能系统的运转与禁制啊等等这些很科幻的东西。还有什么基因与AT立场的辨证关系啊，人形骨架的人工介入设计啊，遮断和强化电信号的神经结构啊等等奇奇怪怪的东西。虽然学的东西很多，懂的东西却少，但子龙都记住了，他还记得妈妈表扬了他。
子龙想起了妈妈，开始四处找妈妈，结果怎么都找不到，子龙就一直找啊找。
直到一阵巨疼将子龙唤醒，子龙看着眼前的鬼脸怪物一脸懵B：“我Bi，这是什么鬼？！”意识本能的屏蔽了痛觉信号。
此时梦里的记忆消退，现实的认知逐渐回归。等子龙理清楚了前因后果，发现自己已经把这个鬼脸怪，啊不，是可口的力天使摁在地上摩擦了。
“差点翻车。”子龙等待着控制栓耗完电，就可以给小力讲个鬼故事了，一个叫初号机没电了的鬼故事。
初号机在暴打力天使中突然停顿......
“能量，用光了！”“碇真嗣”惊呼。
“初号机到达活动极限，后备电源不起作用。”研究员A惊呼。
“云峰！”杨华惊呼。
一群人跑出指挥所，看到力天使开始反杀初号机。
“云峰！”杨华再次惊呼。
“动啊！动啊！动啊！动啊！快动啊！现在动不了就什么都完了啊！”“碇真嗣”狂怒。
“我也想殴打小朋友啊，可是怎样才能让手再长出来啊？”子龙刚想反击就想起自己还不会断肢重生的技能，心中一慌连忙回忆“碇唯”的知识，“基因与AT立场的辨证关系，就是这个！AT立场解锁基因与细胞定向分化。基因锁？”
等子龙掌握断肢重生的技能，力天使已经开始打击初号机的核心了，还有一个主角在狂怒。
“此处应有BGM。”子龙掌控身体的瞬间，双眼一闪，抬起右手就将力天使的带子抓裂，而后抓住带子向后一拽，将力天使拉到跟前，面对面：“来，小力，哥给你讲个故事。”然后一脚将力天使蹬出数百米。
“E、EVA再启动。”研究员A惊呼。
“基因锁二阶：断肢重生！”子龙在心中口胡，右手抓着力天使的带子贴于断臂处，用AT立场解锁力天使的基因，使组成带子的细胞定向分化为左手，完成断肢再造。
“好厉害！”杨华惊呆了。
“怎么可能，简直难以置信，初号机的同步率超过400%！”研究员A也惊呆了。
“她还是苏醒了。”英子道。
你看小力多肥啊，去掉头就能吃，蛋白质是牛肉的六百倍。
子龙抬起右手，AT立场隔空击破力天使的带子，顺带击穿力天使的AT立场，将力天使打翻在地，随后纵身一跃落在力天使身上，扒掉力天使的鬼脸，开始了进食。中间没有嚎叫、没有爬行，因为子龙觉得那样好羞耻。
“难以置信，我居然下得了口。是因为力天使不是人形？还是因为初号机改变了我的认知？肉体影响灵魂吗？”子龙寻思着自己的变化。
“居然把使徒吃了。”杨华难以置信。
“难道初号机在侵吞使徒的S^2机关吗？”英子也难以置信。
“这就是S^2机关的力量吗？好饱。”子龙吞食完使徒，肉体开始蜕变，崩开了拘束器。
“拘束器！”英子一声惊呼，引来研究员B的一声疑惑：“拘束器？”
“没错，那不是装甲，是我们为了压制EVA的真正力量多安装的拘束器。它现在用自己的力量解开了那个束缚。我们已经无法阻止EVA了。”
“初号机的苏醒和解放，皇室不会对此保持沉默的。”某间谍。
某全息会议
“EVA体内不可能天生就拥有的S^2机关。”
“没想到初号机会用种手段自己取得。”
“这跟我们的计划相差太大了。”
“这可不太容易修正。”
“赵刚，把EVA交给那个男人就是个错误吧。”
“可是没有那个男人的话，一切计划都无法进行。”
“赵刚，你到底在想什么。”
主任办公室
“这也在剧本之中吗，主任。”某副主任，“开始了啊。”
“嗯，一切才刚刚开始。”赵刚两手交叠成三角。
某生命试验基地，损坏的指挥所
“两台EVA的损伤已超过细胞分裂次数的极限。”研究员A报告道。
“要全部恢复得花不少时间了。”英子无奈。
“幸好智脑系统可以移植，明天就可以开始着手移植了。”研究员A欣喜。
“不过，这里又不能移植啊。”英子很惆怅。
“下令废弃也只是时间问题。”研究员B看着破败的指挥所。
“是啊。”英子环顾四周，“只能先使用备用的第2指挥所了。”
“即使没有智脑也要用吗？”研究员A问道。
“没错，先去打扫一下，下午就要开始工作了。”英子作出决定，将人员带到第2指挥所。
“椅子又小，感应器反应又慢，在这里工作很不顺手啊”研究员A抱怨。
“虽然跟我们熟悉的第1指挥所结构相同。可是...”研究员B。
“还是不适应啊。”研究员A接着说。
“有能用的就不错了。”英子安慰道，“反而是初号机，不知道还能不能使用。”