南通境内成陆最早的西北部为扬泰岗地外缘，5000多年前就有人类生息繁衍，其余大部分区域为近2000年间海中沙洲逐步涨接而成。随着人口的迁入和渔盐、农耕等经济的发展，逐步建立各级行政建制。

汉元狩六年（前117）置临海郡，管辖海陵等29县，今海安地域即为海陵县辖地。东晋安帝年间（397~418），建如皋、等县，属广陵郡。南朝宋泰七年（471），设海安县，属新平郡（后改属海陵郡）。南通境内最早的县级政权到南朝梁陈年间（502~589）基本裁废。南北朝时期，今南通市区一带逐渐涨沙成洲，称胡逗洲。

唐中期，海安县又在海陵县境内析出单独设置，但仅存在14年（708~722）。唐朝廷在胡逗洲设盐亭场。开元十年（722）设置盐官，属扬州海陵县，隶属于淮南道。乾符二年（875）设狼山镇，归浙江西道节度使管辖，为防务建置。

五代十国时期，今南通一带为割据政权南唐控制。南唐保大十年（952），在海陵县东乡重建如皋县，属泰州。958年，后周政权军队南下，攻克如皋东乡的静海并改名为通州，属扬州管辖，下领静海、海门两县，是通州建州之始。宋代，通州一度称崇州、崇川，隶属于淮南东路，领静海、海门两县。元至元十五年（1278），通州升为通州路；至元二十二年（1285），恢复为州，属扬州路，领静海、海门两县。

明洪武二年（1369），静海县并入通州，通州增领崇明县。洪武九年（1376），崇明县改隶苏州府，通州仍领海门县。清康熙十一年（1672），海门废县为乡，并入通州。雍正二年（1724），通州升为直隶州，隶属于江苏布政使司，增领如皋、泰兴两县。乾隆二十六年（1761）改隶于江宁布政使司。乾隆三十三年（1768），割通州19沙、崇明11沙和新涨的天南等41沙设海门直隶厅。

“中华民国”元年（1912），江苏临时省议会决定通州废州设县，改称南通县，行政区划为清宣统时的13市、8乡。同时，废海门厅，设海门县。民国十六年（1927）5月，国民革命军（北伐军）抵达南通，成立南通县政府。民国三年至十六年（1914~1927），南通、如皋、靖江、泰兴等县归苏常道管辖；海门、崇明等县归沪海道管辖。民国十七年（1928）3月，原属崇明县的外沙独立建置启东县。

民国二十三年（1934），江苏省行政第七区专员公署设于南通城，下辖南通、如皋、海门、启东、崇明5县。民国二十五年（1936）苏七区改为苏四区，增辖靖江县。抗日战争期间，南通地区国民党政府、中国共产党建立的抗日民主政权、汪精卫亲日傀儡政权（即汪伪“清乡”公署）交错并存。民国三十二年（1943）1月，在国共联合抗日的背景下，苏中行政公署决定划东台、泰县、如皋3县部分地域设置紫石县，治所在海安镇。民国三十四年（1945）抗日战争胜利后，如皋西乡的如西县复名如皋县；如皋东乡的如皋县定名如东县。解放战争期间，国共两党均对南通地区政权设置多次调整。

民国三十七年（1948）紫石县改称海安县。 民国三十八年（1949）2月，中国人民解放军攻占南通城，通如海启全境解放。华中行政办事处决定，从原南通县境划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区（后改为苏北南通行政区），行署机关驻南通市。南通县城迁金沙镇。

1949年10月，南通专区隶属苏北行政公署，下辖如东、南通、海门、启东、崇明5县和南通市。1950年1月，海安、如皋2县由苏北泰州行政区划归南通行政区。5月，南通市改为苏北行政公署直辖市。1953年1月江苏建省后，南通市为省辖市，同时建有南通区（后改为“专区”“地区”）。其中“市”管城区、郊区，“区”管各县。1958年11月，崇明县划归上海市。1983年3月，南通地区行政公署撤销，原行署所辖6县统一由南通市领导，实行市管县体制。1989年后，启东、如皋、南通、海门先后撤县建市（南通县改称通州市）。2009年4月，通州撤市建区，重新成为南通中心城市的组成部分。