河南失败的战役结束以后明庭还没恢复过来十月清太宗派多罗饶余贝勒阿巴泰为奉命大将军，再一次统率八旗劲旅出兵征明。

清太宗充分注意到农民军这股势力，在阿巴泰等人出发前特别叮嘱：“如遇流寇，要对他们说：你等为明朝政治紊乱，激而成变。我前来征讨，也正为此。”

他要求军士要善待农民军，不可与农民军结下仇怨，如果对方愿意派使者或有书信交送，一定要妥为接洽。18阿巴泰的十万大军在十一月上旬分左右两翼分别由抚宁北面的界岭口和蓟州北面的黄崖口攻入长城，接着轻易地拿下了迁安、三河、蓟州等重镇。这是清军第五次进入内地，第四次兵临京师城下。

明朝为了防范清兵，此前在山海关至北京一线设置了辽东、山海、昌平、保定四个总督，宁远、永平、顺天、密云、天津、保定六个巡抚，宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天津、保定八个总兵官，大帅如云，防兵如蚁。

但由于事权不一，将帅怯懦，士，这些分属于督标、抚标、镇标的明军根本无法有效地调集起来对付清军。各路兵马或是没遇见敌军就先行逃窜；或是故意避开敌军的正面攻势，远远地逗留观望；或是保持距离跟在敌军屁股后面，充当清军的收容队。

因而清军这次入关最为轻松，几乎从来没有遇到过任何抵抗清兵临城的时候，崇祯帝和他的朝臣们又一次大为恐慌，一面下诏要求各路部队勤王入卫，一面临时抱佛脚，紧急推举堪任大将的人才。

只是这时候，京城周围根本就没有能够起作用的援兵，朝中也再没有可以任用的军事人才了。好在清军只是从京城边上擦身而过，就向京南一带进军，崇祯帝这才松了一口气。

但这接连不断的打击和失败还是让崇祯帝感到了极大的沮丧，早在四月他就提出过要第二次下诏罪己，以邀民心，以邀天眷，但一直没有实行。到了中原残破，清兵横行，朝政紊乱，财匮民饥的闰十一月，他在极其无奈的情况下终于第二次颁发了罪己诏书。

由于第一次罪己其实只是以上谕的形式下发的，这也可以说是他第一次正式以诏告天下的方式公开罪己自责。诏书中说：“近来灾害频仍，干戈扰攘。醒来就想到祸乱，日夜不能安宁。这实在都是朕的无德所致啊！罪在朕自身，不敢自我宽容。

自今日为始，朕敬于宫中默告上帝，修省戴罪视事。务期歼胡平寇，以赎罪责。”在这一套听起来沉痛深刻其实毫无实质性内容的自我批评之后，诏书中又对朝臣的“挟私偏执、更端争胜”种种情弊大加挞伐了一番，最后要求群臣“各知勉励，无负朕罪己求言、克艰图治至意”。

他已经没有能力控制这个局面，只好希望百姓们能振作起来，群臣能振作起来，也希望苍天能振作起来，重新福佑他的王朝。

但还没等群臣们真的振作，他的自尊心却已经因为公开罪己而遭受了破坏性的打击，难以自拔了。像6年前第一次罪己之后的情况一样，他再一次陷入自责—惭愤—发泄的泥潭中，顾不上国势的衰微，顾不上军情的急迫，只有一种惩治朝臣以挽回心理平衡的冲动。