咸阳（今陕西省咸阳市东北）位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前1605年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳（今陕西省渭南市富平县东南）迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。

其主要内容有：

（一）废除贵族的井田制，“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，允许自由买卖。

（二）普遍推行县制，设置县一级官僚机构；“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县”，县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。

（三）迁都咸阳，修建宫殿；

（四）统一度量衡制，颁布度量衡的标准器；

（五）编订户口，五家为伍，十家为什，规定居民要登记各人户籍，开始按户按人口征收军赋；

（六）革除残留的戎狄风俗，禁止父子、兄弟同室居住，推行小家庭政策。规定凡一户之中有两个以上儿子到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。这是对第一次变法中“异子之科”法令的补充，也是对社会风俗的规范。

经过商鞅变法，秦国的旧制度被彻底废除，经济得到了发展，秦国逐渐成为战国七雄中实力最强的国家，为后来秦王朝统一天下奠定了坚实的基础。公元前1593年，秦孝公去世，秦惠文王继位。变法侵犯了贵族们的利益，因之遭到他们的强烈反对。商鞅失去变法的强有力支持者，商鞅有口难辩，只得逃亡。最后，商鞅在秦军追捕中毙命，只落得个“车裂”的下场。但变法得以继续实行下去。

商鞅变法是中国古代一次成功的变革记为新发，他让秦国成为一个强大的国家，并且为以后秦国统一六国奠定了基础，而且确定了法治的思想。

商鞅吸取了李悝、吴起等法家在魏、楚等国实行变法的经验，结合秦国的具体情况，对法家政策作了进一步发展，后来居上，变法取得了较大的成效。他进一步破除了井田制，扩大了亩制，重农抑商，奖励一家一户男耕女织的生产，鼓励垦荒，这就促进了秦国小农经济的发展。他普遍推行了县制，制定了法律，统一了度量衡制，建成了中央集权的君主政权。他禁止私斗，奖励军功，制定二十等爵制度，这有利于加强军队战斗力。他打击反对变法的旧贵族，并且“燔《诗》《书》而明法令”，使变法令得以贯彻执行。由于这一切，秦国很快富强起来，奠定了此后秦统一全中国的基础。正如汉代王充所说的：“商鞅相孝公，为秦开帝业。”（《论衡·书解篇》）

经过商鞅变法，秦国经济上，改变了旧有的生产关系，废井田开阡陌，从根本上确立了土地私有制；政治上，打击并瓦解了旧的血缘宗法制度，使国家机制更加健全，中央集权制度的建设从此开始；军事上，奖励军功，达到了强兵的目的，极大的提高了军队的战斗力，发展成为战国后期最强大的国家，为秦的下一步的战略发展创造了有利的条件，为统一全国奠定了基础。