紫宛镇——玲奈在收拾富士爷爷的房间时，无意中发现了一张照片，照片上的人看起来是一家三口，爸爸妈妈中间有一个手里拿着帽子、穿着白色衣服的可爱的小女孩。

富士爷爷：(走了进来)玲奈，你在看什么？

玲奈：富士爷爷，这张照片是？

富士爷爷：(接过)那是我和我的妻子、女儿。

玲奈：那她们现在在哪里啊？

富士爷爷：(拿着照片走到窗边)我的女儿早夭了，妻子也离开了我。

玲奈：(羞愧的低下头)对不起…

富士爷爷：没什么好道歉的，是我的错(看了看天空)要变天了…小智，如果你遇到了它的话，一定要拯救它啊…我把一切都赌在你身上了…

天空突然下起了大雨，小智一行人收到新岛的邀请函，来到了位于新岛的码头——‘老海岸码头’。当他们到达码头的等候大厅时，早已是人山人海，连坐的地方都没有。

小智：小霞拿出一块毛巾帮波克比擦雨水，小智帮皮卡丘擦雨水

小霞：(抱怨)天气本来很好的嘛！怎么会…

小刚：(看着天花板)大家都说海边的气候最善变了。

空男：咦！渡船停航？

海男：不能去新岛了吗？

小甜：怎么会这样…

君莎小姐：(安抚)各位请安静一下，这位就是管理码头的…

波佳：我是波佳，想了解大海的情况，就去听听大海的声音吧——不过也不需要去听了，你们看这么阴沉的天，这样的飓风我从未见过。

小甜：有这么可怕吗？

波佳：连我在港口长大的人都没经历过这么大的暴风雨，而且暴风雨就笼罩在新岛的上空，我是不可能让各位去冒险的，这是本人保护港口的职责。

君莎小姐：就是这样，所以渡船取消航行了。

海男：没问题的，我的神奇宝贝水性很好，它一定有办法渡海的。

波佳：等一下！我这么了解海洋，我都说不行了。

君莎小姐：没错，而且万一神奇宝贝受伤了，也没有办法在神奇宝贝为它们治疗了。

小智：为什么啊？

君莎小姐：神奇宝贝中心的乔伊小姐她失踪了，没有乔伊小姐就无法替神奇宝贝治疗(指着墙上的海报)那边的海报就是寻人启事。

小刚觉得海报上的乔伊小姐好像在哪见过，大家都没有在意，因为乔伊小姐都长得一样，只有小刚分得清。

可是热情的训练家们根本不顾君莎小姐和波佳的反对，自行派出神奇宝贝去新岛——先是一个穿橙色衣服的男生骑着比雕，一个女生乘着白海狮，一个穿蓝色衣服的男生骑着暴鲤龙，还有许多训练家拿出自己的神奇宝贝接二连三的朝新岛出发

君莎小姐：不要去！要逮捕人了哦～

不管君莎小姐怎么喊，训练家们都对君莎小姐的话听而不闻，君莎小姐的警帽都被大风吹跑了

波佳：还是没有办法阻止他们，他们是神奇宝贝训练家，是‘冒险者’呀——如果能阻止他们的话，他们就不会聚集到这里来了(看着出发的训练家们)祈祷他们平安无事吧。

小智一行人来到岸边

小霞：小智，我们要怎么渡海啊？

小智：用这家伙，出来吧，血翼飞龙，就决定是你了。

小智等人乘上血翼飞龙，也向新岛出发了，虽然路上的风浪非常大，但对血翼飞龙来说，根本不算什么。三人终于成功抵达了新岛，来到新岛下面的楼梯口，就看到那个影像中的女子提着灯等候他们

小智：血翼飞龙，辛苦你了，回来吧。

修女：欢迎各位光临本城堡，请拿出你们的邀请函。

小智：是这个吗？

小智拿出之前的那张卡片，卡片上又出现了影像

修女：(影像)这些人确实是受到我们邀请的人。

小刚：啊！没想到你果然是她！

小霞：什么？

小刚：码头的寻人启事的乔伊小姐呀。

小霞：听你这么一说，还真有点像耶。

修女：你们在说什么？我从出生到现在就一直在这座城堡工作。好了，这边请吧。

说完，修女就领着小智等人向城堡里走去

修女：其他受到邀请的客人都已经到齐了。

小智：(心想)这个人有些不对劲，眼神空洞，好像被什么控制了一样。这座城堡周围像是被什么东西保护了一样，外面明明是暴风雨，城堡周围却可以看到明亮的月光，暴风雨仿佛被隔离在外一般，这座城堡一定隐藏着什么。

小智一行人在修女的带领下前往神奇宝贝城，走过一段很长的楼梯后，打开一扇门，小智等人终于到了一间明亮宽敞的房间里

修女：(关掉手里的灯)坐在那边的那些人，是比你们先到达的训练家。

长桌旁坐着三个人。

生命力顽强的火箭队三人组也来到了这座岛，后面这跟着一只可爱的神秘的神奇宝贝。