神盾局总部遭到巨变，受到影响的还有科尔森所建立的“空客”小组。

所谓“空客”小组，就是由一架巨大的空中客机为基地进行世界调查的小组。

他们的任务主要是调查世界各地的诡异，灵异，奇怪的事件以及为超级英雄战斗后留下的战场进行打扫清理。

空中客机是死而复生的科尔森，从塔希提岛回来后福瑞送给他的礼物，并且授予了科尔森建立独立行动小组的权利。

科尔森先后招募了神盾局有史以来最年轻最有才华的两个学员莱奥·菲兹和珍玛·西蒙斯，处于半退休状态现在做神盾局接线员曾被称为“铁骑”的梅琳达·梅，在神盾局综合数值中仅次于娜塔莎特工的精英特工沃德特工以及用几分钟就黑进神盾局系统的“涨潮”组织成员黑客斯凯。

他们在相处中也有磕磕碰碰，也有许多的小摩擦，但是他们互相信任，互相帮助，他们就像科尔森的孩子一样。

但是，在神盾局巨变以后一切都变了！

一切要从那个将科尔森从死神手里拉回来编号为GH325的神奇特效药说起。

GH325是一种从一种蓝色外星人体内提取的身体成分，它可以快速让伤口愈合，让垂死的人焕发生机。

科尔森之所以起死回生除了电流刺激大脑的方法，很大原因就是因为使用了这种药。

科尔森在进入一架机器后被机器刺激脑部记起了自己曾经死亡后的一些细节，被催眠替换掉的记忆有一些开始复舒。

后来斯凯因为追查塞博科技相关之事而身受重伤，科尔森利用脑子里的蛛丝马迹寻找到了塔希提岛，那里其实是一个位于地下的医学实验室，它最大的秘密就是GH325，利用最后一份GH325科尔森救活了斯凯。

千里眼一直是存在于传说中人物，或者说是神。

他的眼线遍布各地，他最想得到的东西就是GH325，科尔森一直在猜测这个千里眼的真正身份，通过一系列的事件科尔森认为千里眼其实是神盾局的某个高级特工，因为没有达到可以知道GH325的权限，所以才会不断的找人让自己回忆起有关于GH325的记忆。

菲兹撞破梅在用一条加密单线在和外界联系，这让科尔森怀疑起了梅的真正身份，她会不会是千里眼的眼线。

就在梅的事还没有解决时，科尔森的老战友加特勒的飞机被总部的无人机追杀，加特勒躲进了空客中。

从加特勒被总部无人机追杀以及由总部发出的控制空客飞行轨迹，科尔森判断维多利亚.汉娜就是千里眼，总部已经被九头蛇所占领。

梅说过那条加密单线真正联系的是福瑞局长，于是科尔森就让梅再次进行连线，可是得到的答案是，福瑞局长已经死了。

降落到总部的空客遭到了攻击，科尔森等人只能离开空客躲进了总部内。

科尔森本以为汉娜就是千里眼，但是加特勒的一时失言让科尔森意识到自己错了，汉娜不是千里眼，加特勒才是！

因为他从来没有和别人说起过自己被蕾娜说动主动进入过洗脑机器里的事，这事只有背后指使的千里眼知道！

斯凯受伤后正是加特勒陪他一起去为斯凯找的GH325，那是千里眼最想知道的秘密。

加特勒被捕了，一起被捕的还有总部的很多高权限特工，他们很多人都是科尔森熟悉的朋友，同事，战友。

沃德申请了押送加特勒去冷藏库的任务，在去往冷藏库的飞机上，沃德杀死了汉娜，原来沃德一直都是加特勒的手下！

沃德将加特勒带进了冷藏库，那里有非常多的致命武器，这么多年来神盾局从地球的各个角落搜集到的外星武器全都在这里。

加特勒放走了冷藏库里关押的九头蛇犯人，并盗走了冷藏库里所有的武器。

科尔森利用福瑞留下的一条加密信息找到了福瑞的一个秘密基地，在这里的负责人告诉了他福瑞局长还活着的事实。

沃德利用自己的身份尚未暴露的优势进入了秘密基地，杀死了基地负责人，并带走了斯凯和空客。

沃德就是一个骗子，一个彻头彻尾的骗子，他隐藏了自己的本性利用周围人对他的信任来为加特勒做事。

最让科尔森无法原谅沃德的是他对菲兹的伤害，就算他是叛徒的事暴露，菲兹也一直坚信他是清白的，而他却将菲兹和珍玛关在了密封屋内沉进了大海。

虽然珍玛和菲兹想办法逃了出来，但是因为大脑长时间缺氧，菲兹的大脑受到了严重的损伤，一直昏迷不醒。

“愚蠢！残酷！非常愚蠢！为什么要让我复活？显然我不觉得这是个好主意！我警告过你这个测试会让实验对象失去理智！”

在解决加特勒一事后，在空客上科尔森第一次对着自己的长官大吼大叫。

在进行塔希提岛实验时，自己已经明确告诉福瑞GH325会让被使用者疯掉，而且这项实验是为重伤的复仇者们准备的，却被用在了自己的身上！

“我很高兴我这样做了，人们要建造某样东西时首先要有坚实的基础，你知道的科尔森，我能信任的人很少，一只手能数过来。我不怕被砍断手指，神盾局建立的最初其实就是为了纯粹的保护，保护一个人，保护一个地球，这是一个很广泛的定论，现在神盾局的解体只不过是回到最初的那个基础上而已。现在，神盾局将由你进行重建。”

福瑞将一个小黑匣子留给了科尔森，同时留给他的还有神盾局局长的位置，科尔森将做为新的局长重新建立起新的神盾局。

空客将福瑞送到了某个地方，那里有福瑞的专车在等待着他。

“过来科尔森，送送我，以后不知道什么时候才能再见面。”

下了空客后福瑞突然让科尔森单独送他一程，科尔森知道福瑞一定是有什么只能和自己说的话要说。

“科尔森，还记得那个卖花的女孩吗？”

“你是说史塔克家的吗？当然记得。”

“这次的三曲翼大楼的事她也算参加了进来，本来那孩子只是来旅游的，没想到被卷进来了。”

“哦！她没吓到吧？”

“当然没有，她很勇敢。我问你科尔森，以你对我的了解我会带一个没有战斗力的孩子到战场上去吗？”

“不会。”

“是的，我不会，但我却做了。科尔森，那女孩……很危险！”说话间，福瑞一脸的凝重。

“什么？怎么可能？”

科尔森惊讶道，只不过是一个失去双亲还被蒙在鼓里的小女孩，有什么危险可言？

“那个叫艾莉儿的女孩能改变人的想法，在不知不觉的时候，她天赋异禀，只是她自己不知道。”

“你是说艾莉儿有控制别人大脑的能力？”:如果是那种能力，就真的很可怕！

“我不确定，不过唯一庆幸的是，未来的她会是一个对社会有用的人，因为她也在佐拉博士的抹除名单上，至少，她会成为九头蛇的敌人。”