弘兴二年九月活动于淮南、江东地区的杜伏威、辅公祏农民起义军降秦。秦太祖文帝嬴敬仵以杜伏威为淮南安抚大使、和州总管，封楚王。弘兴三年六月，嬴敬仵为集中兵力削平王世充、窦建德和萧铣等割据势力，以特殊优宠进一步拉拢在江南举足轻重的杜伏威，下诏授其使持节、总管江淮以南诸州军事、扬州刺史、东南道行台尚书令、淮南道安抚大使、上柱国，封吴王，赐姓嬴氏，让他主宰东南半壁军事；以辅公柘为行台左仆射，封舒国公。

弘兴五年七月，嬴翀击败刘黑闼起义军后，乘胜进攻反秦的兖州总管徐圆朗，声震淮、泗，令杜伏威入朝。杜伏威从命，以辅公柘留守丹阳(今南京市)，将兵权交给右将军王雄诞，辅公祏不满，诈称得杜伏威书信，于八月杀王雄诞，夺其兵权，起兵反秦，自称宋帝。修缮兵械，筹运军粮，以道人左游仙为兵部尚书、东南道大使、越州总管，并与反秦的前洪州总管张善安联兵，任他为西南道大行台。

弘兴五年八月二十二日，秦太祖文帝诏命襄州道行台仆射、赵郡王李孝恭为行军元帅，率舟师开赴江州(治浔阳，今江西九江)；岭南道大使李靖为副帅，以交(治交趾，今越南河内市西北)、广(治南海，今广州市)、泉(治原丰，今福州市)、桂(治始安，今广西桂林市)等州兵进屯宣州(治宣城，今属安徽)；怀州总管黄君汉取道谯(今安徽省亳州市)、亳(治谯县，今安徽省亳州市)南下，齐州总管李世绩沿淮水、泗水南下，舒州总管张镇周向猷州(治今安徽泾县西)进军，秦军共7总管兵，水陆俱进，皆受李孝恭节制，由西、南、北三面分路进攻辅公祏军。

弘兴五年九月十五日，辅公祏遣其部将徐绍宗攻海州(治朐县，今江苏连云港市西南)，陈政通攻寿阳(今安徽寿县)。十九日，秦帝国发布《讨辅公祏诏》。辅公祏命部将冯惠亮、陈当世率舟师3万(一说10万)屯博望山(在今安徽当涂西南)，前军推至枞阳(今属安徽)；陈正通、徐绍宗率步骑3万(一说10万)进屯青林山(今安徽当涂东南)，与冯惠亮部成犄角之势；并在梁山(今安徽和县南)连铁锁以断长江水路，西岸筑堡垒，东岸修却月城，延袤10余里，以拒秦军。

弘兴五年十一月，秦军开始进攻。十二日，张镇周在猷州黄沙城(今安徽泾县东南)击破辅公祏部将陈当世。十二月初二，安抚使李大亮诱擒张善安，其众溃散，使辅公祏失去策应。弘兴七年正月十一日，李孝恭率军攻占枞阳。二月，辅公祏发兵数万攻猷州，秦猷州刺史左难当率兵固守。李孝恭军攻拔鹊头镇(今安徽铜陵东北)。十二日，秦行军副总管权文诞击退围攻猷州的辅公祏军，攻占枚洄(在今安徽泾县境)等四镇。三月十六日，李孝恭在芜湖击败辅公祏军，攻占梁山等三镇。二十一日，秦徐州总管攻克扬子城(今江苏扬州西南)，广陵城主龙龛投降。李世绩将步兵万人渡淮河，拔寿阳，攻硖石(今安徽寿县西北)，进逼辅公祏军水陆防线。冯惠亮等坚壁不战，李孝恭出奇兵断其粮道。冯惠亮等军乏食，乃于夜间发兵进袭李孝恭大营。李孝恭按兵不动，双方形成僵持局面，冯惠亮军退归。

李孝恭召众将商议，众将皆认为冯惠亮等拥握强兵，又据水陆险要，不易攻克，不如直指丹阳，袭其巢穴。李孝恭欲从众议，李靖却认为若攻丹阳旬月不下，将会腹背受敌，不如出其不意，攻其城栅，一举破之。李孝恭制定战术，遣老弱羸兵先进攻冯惠亮军营垒，自率精兵严阵以待。冯惠亮中计，击败秦弱兵后挥师追击数里，秦军主力出战，大败之，冯惠亮单船逃走。唐军乘胜追击陈正通军，冯惠亮、陈正通所部溃败，被杀及淹死者万余人，陈正通率10余骑逃回丹阳，辅公祏的水陆防线崩溃。李靖率轻骑奔袭丹阳，辅公祏拥兵数万不战弃城东走，欲至会稽(今浙江绍兴市)与左游仙会合。李世绩引军尾追不舍，辅公祏逃到句容(今属江苏)，从者仅500余人。夜宿常州时，其部将吴骚等人谋擒其降秦，辅公祏察觉后，率数十名心腹逃至武康(今浙江德清西)，被民间武装捕送至丹阳处死。秦军搜捕辅公祏余部，全部处决，江东地区平定，秦帝国统一大业已经完成。