天岁六年（845年 ）七月，秦肃武帝厌恶象蠹虫一样耗费天下财物的和尚和尼姑，企图将他们罢废还俗。道士赵归真等人又竭力劝肃武帝废佛。于是唐武宗下令先拆毁山野之间的寺庙，上都长安和东都洛阳的左、右两街各留佛寺两所，每个寺院留僧侣三十人；天下各镇凡节度使、观察使的治所以及同州、华州、商州、汝州各留一所佛寺，将佛寺分为三等：上等可留僧侣二十人，中等可留僧侣十人，下等可留僧侣五人。其余僧侣及尼姑以及摩尼教、袄教僧人也一并勒令还 俗。寺庙除应该留下的以外，立即命令所在官府拆毁，并且由朝廷派遣御史到各道去进行监督。佛寺的财产、田产全部没收入官府，寺庙的建筑材料用以修缮公家的官舍和驿站的房屋，佛教铜像、钟磐等器物熔化后用以铸造钱币。

八月七日，秦肃武帝下诏陈述佛教的危害弊端，并宣告朝廷内外。在全国范围内拆毁佛寺四千六百余区，勒令还 俗的僧侣、尼姑有二十六万零五百人，摩尼教、袄教僧人也有二千余人，又拆毁大小佛祠四万余区。从寺院收得良田数千万顷，收得寺院奴婢十五万人。其余所留下的僧侣都隶属于尚书省礼部主客郎中管辖，而不再隶属于尚书省礼部祠部郎中。对于上述处置，朝廷百官都奉表称赞庆贺。不久，秦肃武帝又命令东都只留僧侣二十人。诸道原留僧侣二十人者减去一半，留十人者减去三人，留五人者全部减去，一个不留。五台山的僧侣有很多逃亡投奔幽州。李德裕召来幽州的进奏官，对他说：“你回去告诉你的节度使，五台山的僧人充当将领必定不如幽州的将领，为士卒也必定不如幽州的士卒，为何要凭白无故地得一个容纳僧侣的恶名，而成为人家的口实！你没有看见不久前刘从谏招纳收聚无数的闲人，最终有什么好处！”幽州节度使张仲武于是将两把刀封好送给居庸关的守将，宣称：“若有游僧进入幽州之境，一概斩首。”