秀女大选的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。

新进宫的祺贵人之父与甄嬛父亲同在都察院为官，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与华妃狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆。

皇帝最终下旨赐死华妃，华妃却不愿就死，甄嬛来到冷宫，替华妃送行，她亲口告诉华妃。

甄嬛：皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在你专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使你终身不孕，我昔日流产之事，也是因此而造成。

华妃听闻真相后，绝望中撞墙而死。皇帝为示自己对华妃的厚爱，许她以贵妃名位入葬。

曹贵人得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华妃来冤魂索命，最终惊惧而死，端妃获圣旨抚养温宜公主。

皇帝决定册封甄嬛为妃。

赵丽颖：不知陛下最近为何事而困扰？

胤禛：正想着找个机会晋升容儿和甄嬛的地位。

赵丽颖：臣妾常年没有子嗣，不需要如此。

胤禛：就是因为容儿常年没有子嗣的原因，所以才更要晋升一下，不然的话，在后宫之中该如何生存？

赵丽颖：依陛下的心意吧！

皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。

册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元。

皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。

禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。

皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。

眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往；她嘱咐温实初。

沈眉庄：你一定要替我照顾好嬛儿。

温实初：放心吧，我会的。

大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。