1943年2月25、26日两天，薛岳连发四封电报给坐镇衡阳的蒋请求撤退；李宗仁也明确表现前线部队“困顿之极、无力再战”，再不撤退唯恐“日军优势兵力全面包围”，那就将会“动摇全局、置国家于危亡之际”。

作为前线指挥官的李宗仁和薛岳的态度已经很明确了，但蒋却一再要求各级官兵再坚持“最后五分钟”。从某种角度来讲，蒋的坚持是有道理的，别看日军现在攻势如潮，炮弹炸弹不要钱的一顿猛砸，但事实上，由于已经将大量的部队和军火运往了太平洋战场，日军在华军火储备已经降到某种危险的程度，日军用于第二次南昌会战的弹药相当一部分都是从其华北、江浙一带的驻军中抽调的。而且仗打到现在，日军的弹药也用掉了大半，平均下来，每门炮现在不足6发炮弹、每杆步枪只有10粒子弹，再打下去，日军就要举着刺刀冲锋了，中方不是没有转败为胜的机会。

然而日军是强弩之末了，可国军却已经再也撑不下去了。根据薛岳和李宗仁的汇报，除若干预备部队尚且完整以外，一线部队平均伤亡达四成以上，诸如第廿八军、第六十二军、第八十五军、第八十八军、新编第一军、第九十一军、新编第三军等部的伤亡更是高达六成半，几乎就是全军覆没了。在这种情况下，中方的大溃败已经不可避免。

2月27日凌晨4时，第十八军军长罗广文向陈诚直接去电称：“十八军即将折损殆尽。”

2个半小时后，第卅一军军长贺维珍则在给李宗仁和白崇禧的密电中抱怨道：“部队都打光了，拿什么去跟西北抗衡。”

接到贺维珍的电报之后李宗仁下定决心不顾蒋的阻止立刻撤退，于是他打电报给薛岳，电报内容只有三个字：“将在外！”

而白崇禧在考虑了整整1个小时后才去面谒正在吃早饭的蒋，话不多说，直接出示贺维珍的电报，蒋看后久久无语。此时陈诚、何应钦等蒋系大将也前来谒见，众人齐齐苦劝，蒋长叹一声，只好同意前线撤退。

实际上，在蒋同意之前，两个战区已经开始下令撤退，只是为时已晚，永修日军已经将新建以北、赣江西岸的中国军队尽数击退，南昌北面的包围打开了。数以百计的日军乘坐橡皮艇络绎不绝的抵达东岸，使得南昌城内第卅四师团师团长秦彦三郎中将手中可用的兵力猛增，日军在南昌南线的反扑力度也随之增强。

2月27日上午7时，奉新失守，日军第卅九师团旋即向高安扑去，大有彻底截断第四战区各部后路的架势，而此刻在新建之高安之间狭小的通道中密集集中着中方6个军17个师65000万人的部队。若是任由日军攻陷高安并进一步封锁锦江的话，上述华军将插翅难飞。

发现危机的薛岳只好严令第六十四军陈公侠部死守高安，又令第四十九军所属暂编第十三师罗哲东部、第卅七军第六十师李棠部、赣南独立第一师赵国义部死守梅岭以确保第十八军等部残存力量能及时撤过锦江逃出生天。

同日，日军石川支队在得到进一步支援后以一部牵制鹰潭、贵溪方向华军，其余主力越过余江、东乡开始向进贤方向进攻。

为了防止日军实现内外夹击，李宗仁命令第六十五军黄国梁部死守进贤，阻止石川支队西进；又命陈牧农第九十三军及第七十一军所属新编第廿八师刘又军部会同散落在波阳、余干之线的第八十七、第八十八师残余力量加紧消灭日军石川支队留在鹰潭、贵溪方向的牵制部队；李宗仁还再三致电第廿九军陈大庆部，命其拼死将南昌出击的日军阻击在丰乐、黄马、高桥、罗溪一线，以确保前线各部能从赣江以东、抚河以西狭小地区撤出。

在后退者杀的残酷军令下，第六十五军、第六十四军、第廿九军等部官兵只能自己的血肉一次次的挡住日军的进攻，用自己的牺牲换取友军的生还。

战至2月28日下午5时15分，四战区前线各部在飞虎队战机的掩护下，大部撤过锦江，但用于阻击的各部已经伤亡殆尽，其中赣南独立第一师师长赵国义在西山殉国，所部只有150余伤兵撤过了锦江；暂编第十三师师长罗哲东中弹重伤，是被勤务兵抬着才逃离日军的追击；第六十师全军覆没，师长李棠带着7个参谋躲在梅岭深处4天后才找到机会溜出日军的包围圈；第六十四军更是减员过半，团以下干部几乎全部更换一遍······

2月28日傍晚6时20分，进贤失守，粤军黄国梁部被迫分散突围，其中副军长曾友仁和第一五四师师长张浩东躲入军山湖区，靠着湖畔渔家的掩护才逃脱日军的追捕；只是曾、张虽然侥幸逃生，但其余各部在日军的追击下死伤累累，尤其是在粤军逃过抚河之时，被追击的日军用机枪肆意扫射，抚河顿时化作血河，浮尸几乎堵塞河道，情况令人惨不忍睹。

进贤失守意味着东路日军与南昌守军实施会师，至此，中方对南昌的围攻彻底失败。

南昌之围虽解，但横山勇却不愿意就此罢手，于是命令日军继续穷追猛打。

在日军的攻击下，第廿九军无法维持战线，只能撤往楮山、马岭一线继续阻击。

3月1日凌晨2时，完成阻击任务的第六十四军撤出高安；几乎同时，第廿九军撤往抚州；而鹰潭、贵溪方向的中国军队则在击溃石川支队留下的1500名日军后主动撤出两地，向浙西、闽西北转移，以防止日军掉头对其攻击。

日军则继续向上高、樟树、抚州等地实施追击，期间日军不断与中方来不及脱逃的部队交火，这些困顿不堪又迷失方向且建制破碎的华军根本无力对抗日军的进攻，只能不断溃散，结果进一步造成华军方面的损失。

3月3日，南下日军进入樟树；当日下午，日军又攻占抚州。不过到了这个时候，横山勇也打不下了---前线日军的弹药已经全部耗尽；华军又在皖中迫近了庐州外围、在鄂西夺取了当阳和宜都威胁宜昌及沙市；浙北、苏南的C.C.游击队又空前活跃。

有鉴于此，烟俊六和横山勇只能就此收兵，第二次南昌会战又以中方失利而告终。

战后，日军宣布消灭华军201766人，缴获德造150mm重榴弹炮2门、75mm山野炮32门、机步枪41028挺（杆）、其余物资无算；日军自身伤亡21621人，其中阵亡6869人，重伤6011人；伪军方面则伤亡了17129人，其中阵亡4203人，重伤4121人。

贵阳方面则自欺欺人的宣告到华军总计伤亡61122人，消灭日伪军14277人，以伤亡交换比来看，中方已经给予日军沉重打击，尽管没有夺回南昌，但在战略上却是胜利者······

反攻南昌的失败让国民政府哀鸿一片，蒋系元气大伤，数年来保存实力的结果荡然无存，数个军就此撤销番号，没有撤销番号的也被迫缩编，只是得以借机进一步的消耗了杂牌并顺势吞并了湘军一部，但失却明显大于得，更在美国人面前丢了颜面，正所谓偷鸡不成蚀把米；而对于各派地方势力来说，蒋的一意孤行使他们损失巨大且又得不到应有的补充反而会被借机兼并，因此愈发的离心离德了。

西北也不满意，当初美国人要替蒋张罗弹药时双方约定好了要将滇军的管辖权移交西北的，结果第六十军却彻头彻尾的成了空壳，期间损失算是谁的？

面对西北的责问和压力，蒋系虽恼羞成怒却敢怒不敢言，毕竟日后还指望对方能继续出售军火，所以只能厚着脸皮请美方出来打圆场。

美国人虽然对蒋系的无能已经无力吐槽，但蒋此战多少是替美军分担了一些压力，因此也不好立刻就卸磨杀驴，因此只能劝说西北，毕竟战场上死多少人都很正常，并非蒋系蓄意消耗滇军力量，要怪也只能怪日军太过凶残。

事实上，西北对滇军实力的消耗是乐见其成的，为此跟蒋系翻脸也是为了进一步笼络滇省人心，既然美方出面关说，西北自然就坡下驴，只是西北不愿轻易放过蒋系，因此提出将郭明昌部划归西北指挥作为赔偿。

郭部新三军此战也损失不小，全军仅余5000余人，就算按蒋军的标准来说也只够缩编成1个师，因此蒋便毫不犹豫的同意了。于是，1943年3月6日，滇军第一集团军和黔军新三军奉命移驻湘鄂巴蜀战区，从此接受了西北的指挥。

西北则宣布将新三军编入唐式遵第廿三集团军，只是该军仅保留第一六四师番号，其余新编第八师、新编第十八师番号和建制撤销；第一集团军改授第13军团番号，卢汉留任军团长，其下保留第五十八军和第六十军······